Para poder describir aunque sea brevemente la flora de la Patagonia, es necesario distinguir las distintas zonas que hay dentro de ella.
La parte del litoral norte, que abarca la región costera de Río Negro y Chubut, es una zona de transición entre el monte chaqueño y la estepa patagónica. Aunque parezca mentira, la vegetación de monte en Argentina, se extiende desde el Chaco, en el norte, formando una especie de cuña, hasta esta zona de la Patagonia. Aquí son comunes los pastizales, arbustos y árboles achaparrados.
Adentrándonos hacia la meseta, típica de la Patagonia central, la vegetación cambia y va adquiriendo los rasgos de la estepa. Los pastos se hacen más ralos y se observan montes de jarilla, neneo y coironales, toda vegetación típica de una zona en la que las lluvias anuales oscilan entre los 200 y los 400 mm..
Pero quizás lo más característico de esta región sea la desertización progresiva provocada por la acción del hombre: es la consecuencia del sobrepastoreo de los campos con ovejas y cabras, y la tala de los arbustos mayores para leña. Éste es uno de los problemas más graves que enfrenta la región, ya que recuperar las tierras de la desertización lleva mucho tiempo e implica toda una modificación en las actividades productivas de los habitantes que no siempre es factible de lograr.
También han contribuido al empobrecimiento de los campos las cenizas volcánicas que los cubrieron hace unos años y cuyos efectos aún hoy permanecen.
Las riberas de los ríos muestran un paisaje completamente distinto, semejante a un oasis en medio del desierto. Allí, además del sauce colorado o criollo, especie endémica, abundan los árboles de especies importadas.
A medida que se avanza hacia la cordillera se ve cómo la vegetación pasa, casi abruptamente, de la estepa al bosque. Los bosques andino-patagónicos o subantárticos se caracterizan por la presencia de la araucaria o pehuén, en lengua mapuche, que puede alcanzar los 40 metros de altura, con troncos de un metro de diámetro y corteza rugosa. Esta conífera primitiva se encuentra sólo en el área cordillerana que va desde el Volcán Copahue hasta el Lago Lácar. También hay lengas, coihues, ñires y robles. Por debajo de estos árboles de gran tamaño crece un sotobosque de matorrales de calafates, chaura y groselleros.
Dentro de los Parques Nacionales se conservan sectores vírgenes con flora y fauna autóctona.
En el Parque Nacional Lanín, el árbol más típico es la araucaria.
En el interior del Parque Nacional Nahuel Huapi se puede ver, en el trayecto entre Laguna Frías y Puerto Blest, un ejemplar de coihue llamado “El Abuelo”, que tiene más de 500 años, mide 40 metros de altura y más de dos de diámetro. También hay numerosos canelos, al árbol sagrado de los araucanos. Los arrayanes pueden encontrarse dispersos entre los 
otros árboles o bien formar bosques multicolores, como el famoso arrayanal de la Península de Quetrihue, que parece salido de un cuento de hadas.
En el Parque Nacional Los Alerces, son justamente los alerces, junto con el ciprés, las especies autóctonas conservadas. Estas coníferas se desarrollan en toda la franja andina, dentro de un tope de 1000 metros de altura. Pueden encontrarse ejemplares de más de 3000 años de antigüedad.
Todos estos árboles pertenecen a especies que se encuentran hoy prácticamente extinguidas debido a la calidad de su madera, que no se pudre y se puede separar en tejuelas para techos y paredes.
También son admirables en esta zona, y es algo que impacta al viajero, la cantidad de flores y frutos, que crecen como arbustos silvestres a orillas de los caminos y bajo el bosque de árboles mayores, como así también el famoso “llao-llao”, hongo que se desarrolla en los troncos de los coihues.
Finalmente, en la Isla de Tierra del Fuego se distinguen dos zonas bien diferenciadas: Al norte, un paisaje de estepa, con pastizales y vegetación xerófila. Al sur, un paisaje de montaña, con bosques de lenga, ñires, coihues y canelos, y un sotobosque de arbustos, como el michay y el famoso calafate, hierbas y helechos. En zonas mal drenadas o muy bajas hay turbales de musgo.